С 1 сентября 2009 года в ОАО «Западное пароходство» утверждена новая структура предприятия.
В целях совершенствования системы управления пароходством проведена оптимизация управленческого персонала компании. Новая структура руководства ОАО «Западное пароходство» позволит быстрее и качественнее решать задачи оперативного руководства судоходной компанией, которое по-прежнему будет осуществляться из Калининграда. При этом в количественном составе плавсостава пароходства изменений не произошло.