Его построили, чтобы перенести главный порт страны из Кронштадта на Гутуевский остров, где сейчас, переняв эстафету у Ленинградского морского торгового порта, работает АО "Морской порт Санкт-Петербург".
Первым о необходимости канала задумался еще Петр Великий. В 1724 году посол Франции писал, что две тысячи солдат трудятся на строительстве канала между Кронштадтом и Петербургом, "дабы в последний могли входить большие корабли". Но смерть Петра отложила воплощение идеи. Суда предпочитали разгружать в Ревеле и Нарве, а затем уже по Балтийской железной дороге товары отправляли вглубь страны. Поэтому все чаще стали поступать предложения перенести порт на Гутуевский остров.
К середине ХIХ века существовало несколько проектов по переносу. Например, в городе предлагали снести Новую Голландию, отдать под склады здания Университета и Академии наук и вырыть на Васильевском острове огромные бассейны для погрузки-выгрузки судов. Существовал и проект строительства в городской черте железнодорожной эстакады. Нашлись желающие на месте нынешнего Морского канала насыпать дамбу-плотину до Кронштадта и провести по ней железнодорожную ветку.
После многолетних дискуссий и согласований был выбран "Гутуевский вариант", предложенный инженером и предпринимателем Николаем Путиловым. Главная его идея заключалась в соединении трех торговых путей: морского, речного и железнодорожного. Этот план в 1874 году утвердил Александр II, а в 1877-м началось строительство.
Чтобы построить канал, Путилов создал целую флотилию из 59 судов: пароходов, шаланд, самоходных барж и паромов. С участием шести земснарядов они поднимали со дна, перегружали и перевозили одновременно более тысячи кубометров грунта. В дно залива забили около десяти тысяч свай. Свайные ряды обшили изнутри досками, заполнили щебнем и землей. Надводные откосы дамб покрыли крупным булыжным камнем, уложенным на слой щебня.
Искусственное русло на дне залива надежно соединило город-порт с Мировым океаном. Если раньше до Петербурга могли доходить суда с осадкой не более 7-8 футов, то по правилам 1887 года по каналу могли следовать суда с осадкой до 20,5 футов.
Так Санкт-Петербург превратился в важнейший транспортный узел страны, связывающий морские и железнодорожные пути. В честь этого события была выпущена памятная медаль, а на выступе дамбы, отделяющей Гутуевский бассейн от Невы, установлен обелиск.