При этом существенное значение для исключения операции из под обложения НДС является отсутствие цели реализации товара за пределами Российской Федерации до пересечения товаром государственной границы. В случае с судами это означает, что на момент
выхода за пределы территории Российской Федерации судно не должно быть оформлено в качестве товара, помещенного под таможенный режим экспорта, а договор купли-продажи должен быть подписан и заключен во время нахождения судов и представителей сторон за пределами государства флага.
Доказательством непосредственной передачи судов за пределами территории Российской Федерации является также подписываемый сторонами на борту судна акт приема-передачи, который рекомендуется составлять в иностранном порту в присутствии иностранного агента, с отражением его участия в акте в качестве свидетельства нахождения судов заграницей.
Несмотря на, казалось бы, прямое исключение НДС в рассматриваемом типе операций, у налоговых органов все же возникают попытки доначисления налога по таким сделкам, однако они не находят поддержки в судах. Так, в Постановлении ФАС Северо-Западного округа от 10.10.2006 по делу N А42-1069/2005 судьи сочли, что поскольку условиями договора предусмотрена передача судна покупателю в иностранном порту, то территория Российской Федерации не является местом его реализации. Следовательно, при реализации спорного судна на территории иностранного государства у продавца не возник объект налогообложения по НДС.
Впоследствии данная позиция нашла свое подтверждение и в письме ФНС России от 31.10.2007 N ШТ-6-03/839@ "О налогообложении операций по реализации морского судна, находящегося за пределами Российской Федерации" и стала преобладающей в судебной практике:
Постановление ФАС СЗО от 29.09.2010 по делу N А05-1560/2010
http://www.resheniya-sudov.ru/2010/248081/
«Отсутствие у налогоплательщика обязанности исчислять и уплачивать в бюджет налог на добавленную стоимость с операций по реализации товаров за пределами территории Российской Федерации прямо предусмотрено нормами НК РФ и в силу статьи 56 Кодекса не является льготой».
Постановление ФАС СЗО от 01.03.2012 г. по делу N А42-1755/2011
http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/41023545/
«Установив, что пользование <…> судами осуществлялось за пределами территории Российской Федерации и в целях перевозки грузов и пассажиров, суды первой и апелляционной инстанций, руководствуясь нормой абзаца 2 пункта 2 статьи 148 НК РФ, обоснованно удовлетворили требования Общества и признали незаконным доначисление спорной суммы налогов.»
Определение ВАС РФ от 07.06.2012 N ВАС-6921/12
http://na.buhgalteria.ru/document/n58011
«Выполнение обществом работ за пределами территории Российской Федерации по договору с иностранной компанией не подпадает под объект обложения налогом на добавленную стоимость независимо от гражданско-правовой квалификации договора».
Постановление АС СЗО от 18.09.2014 по делу N А42-3361/2013
http://base.garant.ru/41136287/
«На основании изложенного суд кассационной инстанции считает правильным вывод судов о том, что ООО "Компания ТракПетролиум" осуществлены операции по реализации Обществу товара, который в момент начала отгрузки и транспортировки находился за пределами территории Российской Федерации, то есть операции, которые не являются объектом обложения НДС».
Таким образом, сделки по реализации судов под государственным флагом Российской Федерации, совершаемые за пределами территории Российской Федерации не облагаются НДС, однако учитывая возникновение соответствующих споров в судебной практике, риск доначисления НДС хотя и сводится к минимуму, но не исключается полностью. При таких обстоятельствах сторонам рассматриваемых сделок рекомендуется согласовывать условия договора предусматривающие, что в случае взыскания НДС по сделке на основании вступившего в законную силу и неподлежащего обжалованию судебного акта, такой НДС подлежит уплате в бюджет Продавцом и возмещению Покупателем.
Пресс-служба "Инмарин"