Сергей Романович Черногубовский окончил Санкт-Петербургский государственный морской технический университет по специальности "инженер-кораблестроитель". Его трудовая деятельность началась на Адмиралтейских верфях в 1993 году.
За почти 30 лет трудового стажа Сергей Черногубовский занимал различные руководящие должности. Работая в структуре Госкорпорации "Росатом" – "Концерн Росэнергоатом", он возглавлял строительство единственной в мире плавучей атомной электростанции "Академик Ломоносов", затем в течении пяти лет руководил строительством головного и первых двух серийных универсальных атомных ледоколов проекта 22220 на Балтийском заводе.
Также Сергей Черногубовский работал первым заместителем директора – заместителем директора по производству филиала "Севастопольский морской завод" АО "ЦС "Звездочка".
С 2021 года Сергей Черногубовский возглавлял Департамент гражданского судостроения Объединенной судостроительной корпорации, а в январе 2023 года был назначен на должность исполнительного директора ВСЗ, сообщает ОСК.