Приказом Главкома ВМФ будущему морскому тральщику присвоено имя Героя Советского Союза Семёна Агафонова - участника Великой Отечественной и Советско-японской войн. Корабль противоминной обороны "Семён Агафонов" стал двенадцатым в линейке проекта 12700, заложенным на Средне-Невском судостроительном заводе.
Проект 12700 "Александрит" разработан Центральным морским конструкторским бюро "Алмаз" (входит в ОСК).
Тральщики проекта 12700 способны применять новейшие гидроакустические станции, размещаемые как на самом корабле, так и на телеуправляемых и автономных подводных аппаратах, и обладают автоматизированной системой управления противоминными действиями.
Они способны использовать и традиционное тральное вооружение. Корабли серии "Александрит" имеют корпус из монолитного стеклопластика, водоизмещение около 890 тонн, длину - 62 метра, ширину - 10 метров, экипаж насчитывает 44 человека.
