Специалистами НИПТБ "Онега" выполнен большой объем научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ по созданию организационной, конструкторской и технологической документации, внедрение которой на предприятиях Государственного российского центра атомного судостроения обеспечивает качественный ремонт и модернизацию подводных лодок и надводных кораблей.
НИПТБ "Онега" разработаны технологии отмывки систем гидравлики и маслопроводов, позволяющие значительно сократить сроки ремонта; технология обезжиривания маслоопасных систем, допускающая проведение работ по месту базирования без вывода подводных лодок и надводных кораблей из эксплуатации; технологии ремонта и модернизации торпедно-ракетных комплексов АПЛ 2-го и 3-го поколений, ремонта систем управления главной энергетической установкой (ГЭУ), монтажа приборов навигационных и гидроакустических комплексов и других систем спецтехники, требующих точной установки.
Предприятием выполнен большой объем работ по продлению срока службы оборудования и межремонтных сроков эксплуатации с реализацией концепции ремонта оборудования по техническому состоянию и сбором информации по надёжности.
Постановлением Правительства РФ от 28.02.2000 г. работа "Совершенствование технологии и повышение экономической эффективности ремонта атомных подводных лодок за счет продления сроков службы и ресурса оборудования", представленная НИПТБ "Онега", удостоена премии Правительства РФ в области науки и техники.