Главное управление гидрометеорологической службы передало институту научно-исследовательские суда "Профессор Визе", "Профессор Зубов", "Океанограф", экспедиционный состав и базу материально-технического снабжения.
Суда неоднократно участвовали в различных экспедициях, на борту размещались лаборатории и комплексы для запуска геофизических ракет.
В настоящее время флот ААНИИ проходит масштабное обновление и важную роль в этом выполняет ОСК. В 2012 году корабелы ОСК Адмиралтейские верфи передали ААНИИ научно-экспедиционное судно "Академик Трешников", выполняющее научные работы в Антарктике.
В 2022 году в состав флота института вошла ледостойкая самодвижущаяся платформа "Северный полюс", построенная по проекту 00903 конструкторского бюро ОСК "Вымпел" на заводе ОСК Адмиралтейские верфи.

В 2023 году адмиралтейцы приступили к постройке нового научно-экспедиционного судна "Иван Фролов" проекта 23680 Невского проектно-конструкторского бюро ОСК, предназначенного для бесперебойной работы российских антарктических экспедиций, сообщает VK-группа ОСК|Объединенная судостроительная корпорация.
Ранее Корабел.ру сообщал, что специалисты корпусно-заготовительного цеха и Центра пропульсивных систем предприятия ОСК "Звездочка" в настоящее время изготавливают туннельную секцию для подруливающего устройства ВТ24, которое будет установлено в корпусе НЭС "Иван Фролов". Все работы ведутся под техническим наблюдением Российского морского регистра судоходства.