Учреждение было создано 1 апреля 1938 года приказом № 159 Народного комиссариата водного транспорта (Наркомвода) СССР и называлось "Ленское бассейновое управление пути" ЦУ Рекпути Наркомвода с центром в городе Киренск.
Осенью 1944 года центр управления был переведен в г. Якутск. В настоящее время в состав учреждении входят 8 филиалов, из которых 7 расположены на территории республики Саха (Якутия) и 1 в Иркутской области.
Администрация Ленского бассейна обеспечивает содержание водных магистралей в короткий период арктического лета на территории семи самостоятельных бассейнов рек – Лены, Колымы, Индигирки, Яны, Нижней Тунгуски, Оленька и Анабара. На этих огромных территориях в отсутствие развитой сети автомобильных и железных дорог ограниченный короткой навигацией водный транспорт остается безальтернативным средством доставки топлива, продовольствия, стройматериалов и других жизнеобеспечивающих грузов для населения и экономики.
В предстоящую навигацию 2023 года запланировано ввести в эксплуатацию 228 ед. флота, в том числе 13 земснарядов, 83 обстановочных теплохода. Сейчас во всех филиалах учреждения полным ходом идет судоремонт, выморозочные работы завершены, заканчиваются работы по ремонту корпусов, винто-рулевых комплексов.
Эксплуатируется более 21,7 тысячи километров водных путей, судоходство осуществляется почти на 11 тысячах километрах, 90% из которых – с гарантированными габаритами.
Выполнение комплекса путевых работ на реках Ленского бассейна играет ключевую роль в экономическом и социальном развитии Республики Саха (Якутия), в том числе в осуществлении "северного завоза", говорится в сообщении Федерального агентства морского и речного транспорта (Росморречфлот).
